Z przyrodniczego punktu widzenia obszar  Zamagurza, utworzony  przez północne stoki Magury Spiskiej [Spišská Magura] i część  Pienin, jest wyjątkowym obszarem,  uformowanym  w wyniku skomplikowanego   rozwoju  geologicznego, z cennymi  ekosystemami  przyrodniczymi, jakie powstały w wyniku przebiegających procesów  przyrodniczych oraz działalności gospodarczej miejscowej  ludności, która w pozytywnym sensie słowa modelowała jego krajobraz, przyczyniając się zarazem do zwiększenia różnorodności  gatunków roślinnych i zwierzęcych.
Pogórze Pienin jest klejnotem i centralną częścią tego obszaru. Stanowi część pasma skalnego, które na długości 600 km jest granicą  pomiędzy  wewnętrznymi  i zewnętrznymi Karpatami. Pieniny znajdują się w północnej części pasma skalnego, a ich obszar rozciąga się na powierzchni o długości około 35 km i maksymalnej  szerokości około 6 km. Na północy sąsiadują z Gorcami i Beskidem Sądeckim, na południu z Magurą Spiską, na zachodzie z Tatrami Bielskimi [Belianske Tatry], a na wschodzie z Ľubovnianską  vrchoviną  i Międzygórzem  Spisko-Szaryskim [Spišsko-šarišské  medzihore]. Obszar Pienin dzieli się na trzy części:
1. Pieniny Spiskie znajdują się w zachodniej części Pienin i rozciągają się pomiędzy rzeką Białką a Niedzicą. Na północy i południu ogranicza je rzeka Dunajec i potok Łapszanka. Ich częścią jest również wzgórze zamkowe w Niedzicy Zamku. Obecnie w całości leżą na terytorium Polski.
2. Pieniny Właściwe rozciągają się od czorsztyńskiego  wzgórza zamkowego do miasta Szczawnica. Od Pienin Spiskich oddziela ich akwen zapory na Dunajcu. Na północy obszar Pienin Właściwych ogranicza potok Krośnica i Grajcarek,  a pomiędzy nimi część Dunajca. Na południu granicę tworzy rzeka Dunajec po Czerwony Klasztor [Červený Kláštor], a następnie jego prawobrzeżny dopływ, Lipnik, dalej  potok  Kamienka, który jest już jednak dopływem rzeki Poprad. Pieniny Właściwe dzielą się na mniejsze części, a mianowicie:

2.1. Pieniny Czorsztyńskie, które znajdują się na lewej stronie Dunajca i obejmują tereny od wzgórza zamku czorsztyńskiego  do przełęczy  Szopka.  Ich najwyższym wzniesieniem jest szczyt Nowa Góra (902 m n.p.m.).

2.2. Masyw Trzech Koron, który rozciąga  się od przełączy Szopka, przez przełom Dunajca, aż do doliny Potoku  Pienińskiego. Masyw Trzech Koron rzeka Dunajec przedzieliła do- liną przełomu na dwie części. Po lewej, polskiej stronie,  tworzą go Trzy Korony (982 m n.p.m.), które wznoszą się aż 520 m nad poziomem Dunajca. Po prawej, słowackiej stronie tworzy go grzebień Góry Klasztornej [Kláštorná hora] (657 m n.p.m.), Golicy [Holica] (828 m n.p.m.)  i Płaśni [Plásna] (889 m n.p.m.)  ze Skałami Haligowskimi [Haligovské skaly].

2.3. Pieninki, które uważane są za najbardziej  malowniczą część Pienin Właści- wych, rozciągają się na obszarze pomiędzy doliną Pienińskiego Potoku a przełomem Leśnickiego  Potoku [Lesnický  potok]. Najbardziej  znanym  szczytem  jest  Sokolica (747 m n.p.m.), ale najwyżej położonym punktem jest Czertezik (774 m n.p.m.). Wy- sokość ścian skalnych po polskiej stronie osiąga aż 30 m nad poziomem Dunajca. Po stronie słowackiej znajduje się w tym miejscu  masyw Osobita (490 m n.p.m.), wznoszący się po prawej stronie przed przełomem Potoku Leśnickiego. Do Zamagurza z Pienin Właściwych należą tylko obszary leżące po stronie słowackiej.

3. Małe Pieniny jest to szeroki płaski górski grzbiet, który rozciąga się od rzeki Dunajec aż do wzgórza Wierchliczka [Vrchriécka] (966 m n.p.m.) nad miejscowością Litmanová na wschodzie.  Należy do nich również najwyższy szczyt Pienin – Wysokie Skałki [Vysoké Skalky] (1050 m n.p.m.).
Obszaru Pienin nie można sobie wyobrazić bez rzeki Dunajec, która stworzyła tu- taj w przeszłości niespotykane ukształtowanie terenu – dolinę przełomu Dunajca. Ciek wodny uformował  bardziej miękkie górotwory pomiędzy poszczególnymi skałami wapiennymi  i stworzył wąski i głęboki  kanion  o długości około 8,5 km, który składa się z czterech  wielkich meandrów,  w których rzeka ostro zmienia kierunek zawracając niekiedy w przeciwnym kierunku. Przełom Dunajca wraz z przełomem Leśnickie- go Potoku jest najczęściej  odwiedzanym miejscem po stronie słowackiej.

Po polskiej stronie Pienin Spiskich, na Zamagurzu, znajduje się rezerwat  przyrody Zielone Skałki, składający się z pasma  skał wapiennych  z rzadkimi gatunkami  roślin,  np. pluskwica europejska,  czy kokorycz żółta. Naturalną granicą, która oddziela Pieniny od Kotliny Nowotarskiej jest rzeka Białka, która w przeszłości wydrążyła w skałach wapiennych przełom o szerokości stu metrów.  Ten rezerwat przyrody – Przełom  Białki jest również geologicznie  związany z Pieninami.

Pomimo tego, że skalne pasmo Karpat w związku z nieprzepuszczalnością podłoża jest ubogie w źródła mineralne, to w Pieninach – w miejscowości  Czerwony Klasztor
– znajdują się trzy źródła zimnej wody siarkowodorowej,  które  wypływają na styku pienińskich  wapieni i  fliszu.   Wody tych źródeł mają właściwości lecznicze w zakresie chorób skórnych, prze- miany materii, chorób żołądka oraz reumatyzmu.
Pasmo fliszu,  do którego należy pozostała  część Zamagurza,  tworzy nieprzepuszczalne górotwory fliszo- we, w których  stosunkowo  rzadko występują wydajniejsze źródła mineralne. Na terytorium  Zamagurza źródła mineralne występują również na   obszarze   następujących gmin i miejscowości:   Haligowce [Haligovce], Kacwin, Łapsze Wyżne,  Lechnica,  Osturnia [Osturňa],  Wielka  Leśna  [Veľká Lesná]  i Wielki [Veľký Lipník] Lipnik.
Pieniny są również interesujące  z powodu  wy- stępujących tutaj zjawisk krasowych. Najwięcej powierzchniowych  i podziemnych zjawisk krasowych znajduje  się w Haligowskich Skałach, gdzie oprócz  skalnych igieł i wież, znajdują  się 23 zbadane podziemne formacje, z których  do najbardziej   znanych  należy  jaskinia  Aksamitka z korytarzami   o długości 335 m. Na urozmaiconą budowę geologiczną, rozczłonkowaną rzeźbę Pienin wpłynęło w szczególności to, iż w okresie lodowcowym tereny te nie były pokryte lodem, co uwarunkowało rozmaitość pienińskich zespołów przyrodniczych. Uwarunkowania te, wraz z działalnością  człowieka w przeszłości, spowodowały, iż ukształtowane  zostały warunki do powstania niespotykanych   w dzisiejszych  czasach  wartościowych  zbiorowisk roślinnych  z niezwykłą różnorodnością gatunków  roślinnych  i zwierzęcych.  Na małym obszarze  w mozaikowy sposób występują zbiorowiska roślinności skalnej, leśnej i trawiastej,  które  wraz z pozostałymi areałami,  wykorzystywanymi do działalności rolniczej, tworzą krajobraz z mnóstwem unikalnej flory i fauny.

Biotypy  skalne  i usypiska znajdują  się nie tylko po obydwu stronach  przełomu Dunajca, lecz są również charakterystyczne  dla Skał Haligowskich, przełomu Potoku Leśnickiego i dla grzebienia Małych Pienin, gdzie wystają nad powierzchnią poszczególne turnie. W tych zbiorowiskach oprócz innych gatunków można znaleźć relikty okresu lodowcowego, jakim jest jałowiec sawina, chryzantema Zawadzkiego oraz dębik ośmiopłatkowy.

Oprócz nich występuje aster alpejski,reprezentujący florę alpejską, pszonak Wittmana, goździk wczesny i wiele innych. Tych zbiorowisk nie można sobie wyobrazić bez różnobarwnych motyli, wśród których wyróżnia się niepylak apollo, czy też niektóre gatunki modraszków.

Rejony trudne do wykorzystania rolniczego porośnięte  są obecnie  lasem. Na obszarze Pienin przeważają  lasy bukowe i jodłowo-bukowe  lasy kwieciste,  w których oprócz zwyczajnych gatunków roślin występuje  cis pospolity, wawrzynek wilczełyko, lilia złotogłów  i wiele innych. W mniejszych ilościach występują lasy bukowe lubiące podłoże wapienne, które rosną na stromych skalnych zboczach. Cenne zbiorowiska karpackich lasów bukowych znajdują się w rezerwacie przyrodniczym Niebieska Doli- na na obszarze katastru wsi Łapsze Niżne. Wapniste gleby na nasłonecznionych poła- ciach, uwarunkowują gatunkowe bogactwo  porostu ziół i krzewów, łącznie z większą ilością gatunków storczykowatych, wliczając w to obuwika pospolitego.

Zbocza wąwozów i głębokich  rozpadlin na stromych stokach porastają lasy lipowo-klonowe, które są gatunkowo  różnorodne,  z typowymi porostami  drzewnymi, jak jawor gór- ski i zwyczajny, lipa drobnolistna  i szerokolistna  oraz jesion wyniosły. Bardzo rzadko na wapnistym podłożu występują  reliktowe  lasy sosnowe  i świerkowe,  które  rosną w ekstremalnych skalnych szczelinach, na grzebieniach  skalnych, wieżach i turniach. Są to bardzo cenne zbiorowiska, które są przedstawicielami polodowcowego rozwoju wegetacyjnego.  Przy zbiorowiskach leśnych należy również wspomnieć olszę szarą, która jest częścią porostów i zarośli na bardziej wilgotnych miejscach.
Odrębną częścią są zbiorowiska łąk, które należą do obszarów użytkowanych rolni- czo, będących jednocześnie  formą przypomnienia dawnego obrazu rolnictwa tradycyjnego.

Zbiorowiska łąk ze względu na uwarunkowania podłoża geologicznego należą do gatunkowo najbogatszych. Koszone łąki należą bowiem do najbogatszych zbiorowisk, na których na jednym arze występuje aż 70 rodzajów  roślin. Na łąkach Pienin można zobaczyć wiele gatunków storczykowatych, np. podkolan biały, gółka długoostrogowa, listera jajowata,  storczyk majowy, storczyk kukawka.

Ozdobą jest mieczyk dachówkowaty.  Bardziej interesującymi  są mozaikowato  rozmieszczone zbiorowiska roślin na łąkach podmokłych i mokradłach,  które nie osiągają jednak większych rozmiarów.
Następnym,  drugim w kolejności, górskim zespołem Zamagurza jest pogórze fliszu Spiska Magura,

który od północy ogranicza potok Łapszanka, część rzeki Dunajec,  potok  Lipnik i Kamienka, na południu zaś potok  Biela i rzeka  Poprad.  Na północy  sąsiaduje  z Pieninami,  na zachodzie  z Tatrami  Bielskimi [Belianske  Tatry] i Rowem Podtatrzańskim [Podtatranská brázda], na południu z Kotliną Podtatrzańską [Podtatrnská kotlina] i Lewoczskimi Wierchami [Levočské vrchy], a na wschodzie Międzygórzem Spisko-Szaryszkim. Pogórze to tworzy masywny grzbiet górski, który wy- rzeźbiony jest potokami, dzieląc go na mnóstwo bocznych grzebieni i dolin, a Przełęcz Magurska (949 m n.p.m.)  i dolina potoku Rieka rozdziela jego obszar na dwa subregiony:
1. Rzepisko   – nazwany według najwyższego szczytu Rzepisko (1 259 m n.p.m.), w którym  znajduje się Rów Osturniański z ciekawymi zbiorowiskami mokradeł. Grzbiet przechodzi przez koty Rzepisko – Magurka – Bukowina – Smreczyński Wierch – Spádik – Magurska Przełęcz;
2. Wietrzny Wierch – nosi nazwę według tak samo nazwanej koty we wschodniej części Magury Spiskiej. Grzebień w tej części obszaru ciągnie się wzdłuż kot  Kameniarka – Riňava – Wietrzny Wierch (1 102 m n.p.m.).
Magura Spiska powstała  w wyniku masywnego  fałdowania  się górotworów pod koniec późnego trzeciorzędu.  Charakterystycznym rysem Magury Spiskiej są płaszczyznowo  głębokie i  strumieniste osuwiska, które powstały w wyniku silnych opadów  i topienia się śniegu. Większe osuwiska kry lodowej  zatamowały koryta dolin w taki sposób, że powstały odpowiednie warunki  do uformowania  się jezior. Do najbardziej  znanych należy jezioro w miejscowości  Jezersko – Jezioro Jezerskie, a na obszarze  miejscowości  Osturnia Wielkie Jezioro Osturniańskie,
Małe Jeziora i Jezioro.

Wszystkie te jeziora mają statut rezerwatu przy- rody, względnie  pomnika  przyrody. Oprócz  nich na tym obszarze  znaj- duje się jeszcze  kilka zbiorowisk mo- kradeł po wyschniętych  jeziorkach, które obecnie, przy wyższym  pozio- mie wód gruntowych,  tworzą  małe jeziorka. Cieki  wodne Magury  Spiskiej z północnych  stoków  spływają do rzeki Dunajec. Ciekiem o największym znaczeniu w Rowie Osturniańskim jest Potok  Osturniański  i Frankowski,  a w Kotlinie  Starowiejskiej potok Rieka i Lipnik. Po polskiej stronie najbardziej  znaczącymi są cieki Kacwinianka, Niedziczanka, Łapszanka,

Potok  Trybski i Białka.  Z uwagi  na swoje podłoże łupkowe wszystkie potoki tworzą interesujące  stopnie wodne i wodospady.
Zbiorowiska przyrodnicze na terenie  Magury Spiskiej różnią się od zbiorowisk Pienin. Związane jest to z uboższymi glebami  na podłożu fliszowym, jak również mniej zróżnicowaną rzeźbą terenu. Uwarunkowania te uniemożliwiły powstanie  tak dużej różnorodności roślinnej jak w Pieninach, nie można jednak na tej podstawie stwierdzić, że obszar Magury Spiskiej jest mniej interesujący.  Na obszarach rolniczych, w niż- szych partiach,  na tzw. równiach, grunty orne występują  zamiennie  z łąkami koszonymi, na których można spotkać interesujące  rośliny, jak kilka rodzajów  storczyków, czy mieczyk dachówkowaty. Większość areałów rolnych tworzy pastwiska, wypasane owcami, w niższych partiach bydłem rogatym. Interesujące  były w przeszłości górskie łąki tzw. psiarne  na grzebieniowych częściach tych obszarów, które jednak w wyniku zalesiania  i naturalnego rozszerzania się obszarów leśnych, zanikły.

Do cennych  i wartościowych  zbiorowisk roślinnych  należą  również  zbiorowiska mokradeł, które w mozaikowy sposób występują na całym obszarze Zamagurza, również na areałach użytków rolnych, jak też leśnych. Najczęściej spotykamy je na obszarze Osturni i Jezerska.  W zbiorowiskach tych znajdują się gatunki roślinne, które do swojej wegetacji potrzebują wyższy lub wysoki poziom wód podziemnych.  Należą do nich wszystkie rodzaje wełnianek, bobrek trójlistkowy, pierwiosnka omączona, knieć błotna, zwana też kaczeńcem, ale również rośliny mięsożerne,  jak rosiczka okrągło- listna, czy tłustosz  pospolity. Na obszarach  tych można również zobaczyć salamandrę plamistą oraz traszkę górską lub traszkę karpacką. Największe, a z przyrodniczego punktu widzenia najcenniejsze  zbiorowiska mokradeł  uznane zostały za rezerwaty przyrodnicze lub wspomniane  wyżej pomniki przyrody.
Na obszarze Magury Spiskiej najczęściej  występują zbiorowiska leśne. Większość porostów lasów, które nie są porostami  pierwotnymi, stanowią lasy świerkowe, co w ostatnich latach spowodowało występowanie większych wiatrołomów i masowych ataków  korników. Obecnie, na zagrożonych  terenach, sztucznie zasadzono  młode porosty  z bardziej  odpowiednim  składem  drzewostanu.  W lasach Magury Spiskiej w mniejszym zakresie występuje  jodła i modrzew. Z drzew liściastych najczęściej wy- stępuje  buk, klon i jesion. W pobliżu cieków wodnych i na porostach brzegowych wy- stępuje  wierzba, olsza szara i olcha czarna.
Cały teren  Zamagurza z uwagi na swoją różnorodność stwarza optymalne warunki dla występowania wielu gatunków zwierząt. Niektóre, charakterystyczne dla poszczególnych zbiorowisk przyrodniczych, wspomniane były przy ich opisie. Inne, w szczególności większe gatunki ssaków, migrują po terenie całego Zamagurza. Oprócz zwyczajnych gatunków zwierzyny łowieckiej  występują  tutaj również liczne szlachetniejsze gatunki, jak ryś euroazjatycki, niedźwiedź brunatny, czy wilk szary.

Przy ciekach wodnych, w których występuje 17 gatunków ryb, m. in. głowacica, możemy spotkać wydrę europejską, czy bobra europejskiego.  Różnorodny gospodarczo obszar wraz ze zbiorowiskami leśnymi tworzy idealne warunki do występowania różnych gatunków ptactwa,  np. zimorodka zwyczajnego  przy ciekach  wodnych, dudka zwyczajnego wyszukującego dziuple w starych drzewach, orła przedniego i orlika krzykliwego, wyszukującego pod gniazda miejsca  w kompleksach leśnych, puchacza zwyczajnego  i wielu innych gatunków.  Różnorodne  i cenne zbiorowiska przyrodnicze wraz z niespotykanymi  pejzażami  kulturowymi były podstawą do tego, że w 1932 r. powstał na terenie Pienin, po stronie  polskiej,  Pieniński Park Narodowy. Podczas  uroczystego  ogłoszenia tego aktu, 14 lipca 1932 r., przedstawiciele obydwu sąsiadujących  państw  zadeklarowali powstanie  pierwszego  transgranicznego parku w Europie. Obecnie parki na- rodowe w Pieninach istnieją po obydwu stronach rzeki  Dunajec, a cały obszar Zamagurza  jest  pasmem ochronnym Pienińskiego Parku Narodowego.